L'équipe de direction de l'établissement de Nyon-Marens se compose de six personnes qui forment le Conseil de direction. Ce Conseil est présidé par le directeur Gérard Produit secondé dans sa tâche par cinq doyens.
Tous les mardis, le Conseil de direction se réunit pour discuter tous les sujets liés au fonctionnement de l'école: les programmes, les épreuves, l'organisation scolaire (camps, voyages, sorties, animations, actions de prévention, ...), les relations avec les parents et les élèves, les autorités, la hiérarchie...
Les décisions sont ainsi prises de manière collégiale. Le/la doyen/ne concerné(e) présentant la problématique est chargé(e) ensuite de rapporter les décisions auprès des personnes concernées.
